Jupyterをvenv環境で使う
jupyterをvenv環境で使うには一工夫が必要。 venv環境構築 まず、普通にvenv環境を構築。 モジュールインストール venv環境でjupyterとか他に必要なモジュールをインストール。 多分jupyterインストールしたらipykernelもインストールされてると思う。ipykernelでカーネルを追加。...
投稿者: K.Y.
MacTeX：インストールからHello, TeXまで
TeXを使えるようになりたい。 MacTeXをインストール Homebrewでインストール。 もはやcaskも--caskもいらなくなった。 TeXShopを開く Application->TeX->TeXShop.appを開くとエディタが立ち上がるのでこれを使ってTeXを書く。 Hello, TeX まず...
QuantumEspressoをUbuntuにインストール
VASPを使っていたけど、お金かかるからフリーのQuantumEspresso使うことを検討する。 Quantum Espresso 1 Post 5 Users 47 PocketsHome Page - Quantum Espressohttps://www.quantum-espresso.orgThe ulti...
IntelコンパイラーでLammpsは早くなるのか？
いつの間にやらintel compilerが無料で手に入るようになっている。すごい時代だ。昔はインテルコンパイラを使うとプログラムが爆速になったイメージがあるが、最近はどうなのだろうか。Lammpsで比較してみる。 対象マシン 対象とするマシンスペックは以下。 Intel(R) Core(TM) i7-7700K CP...
PytorchでMNIST（全結合）
PytorchでMNISTを全結合でやってみる。 ライブラリインポート データセット構築 MNISTのデータをダウンロードしてDatasetとして保持⇒Dataloaderに渡してミニバッチに分割⇒機械学習。という流れ。 データセット構築において、このDataset ⇒ Dataloaderの流れがPytorchでの一...
Pytorchで多値分類（IRISデータセット）
Pytorchで多値分類やってみた。 ライブラリインポート 必要なライブラリをインポートする。 データセット構築 2値分類とほぼ同じ。 2次元以上になると、データの可視化が困難なので、とりあえず入力をsepal_lengthとpetal_lengthの2つにしておく。 Tensorに変換しておく。ラベルは後のCross...
Pytorchで2値分類（IRISデータセット）
Pytorchで2値分類やってみた。 必要なライブラリをインポート データセットを取得・構築 機械学習に使うデータセットを用意する。sklearnでダウンロード。 ダウンロードしたデータは、以下のようになっている。 dataに150組の特徴量['sepal length (cm)', 'sepal width (cm)...
Pytorchで線形回帰
まずは線形回帰からやってみる。 Pytorchインストール pipでpytorch他をインストールする。 pytorch.org 8 Users 342 PocketsPyTorchhttps://pytorch.org/get-started/locally/ 必要なライブラリをインポート データセット作成 $y=5...
OVITOのレンダリングを自動化
MD計算のあとはやっぱりビジュアライズしたい。昔はAtomeyeを使っていたが、最近はOVITOを使っている。超優秀なのにフリーで使える素晴らしいソフトウェアだ。 OVITOを使うときは、下記のような手順でレンダリングに至る。 近年、コンピュータの高度化により、MD計算は大量の計算結果を吐き出せるようになった。データが...
Hello, Cargo
RUSTでプログラミングするときはCargoというビルドシステム兼パッケージマネージャーを使うとのこと。 新規プロジェクト作成 cargoを使ってプロジェクトを作成する。 Cargo.toml 作成されたディレクトリに行くと、Cargo.tomlが作成されている。Cargoの設定ファイルで、TOML (Tom’s Ob...