Nudged Elastic Band (NEB)法
VASPのサンプルやってみたシリーズ。今回はNudged Elastic Band（NEB）法。 Nudged Elastic Band法 結晶中や表面にいる原子が今いる位置から隣の位置に移動するする（拡散）ことを考える。原子は結晶中ではもっとも安定な場所（ポテンシャルの低い場所）に位置しており、隣の場所に移動するため...
スピン計算 (fcc Ni)
VASPのサンプルやってみたシリーズ。今回はスピン計算（fcc Ni）。 INCAR ISPIN: 計算にスピンを考慮するか。1-考慮しない、2-考慮する。デフォルトは1。MAGMON: 各原子の磁気モーメントを指定するパラメータ。POSCARに記載した原子毎に磁気モーメントを設定する。MAGMOM=[real arr...
Hello, RUST
RUST Rust（ラスト）は、性能、メモリ安全性、安全な並行性を目指して設計されたマルチパラダイムのプログラミング言語である。C言語、C++に代わるシステムプログラミング言語を目指しており、構文的にはC++に似ているが、「ボローチェッカー」(borrow checker) で参照の有効性を検証することによってメモリ安...
numpy, scipyをIntel MKLで転生させた結果…
numpy, scipyは数値計算のライブラリ。自分で作らなくてもやりたいことはほぼ揃っています。numpyやscipyの計算部分はCやFortranで作られてるから高速というのは有名な話ですが、とはいえ行列計算はopen blasが使用されているとのこと。Intel CPUつんでるマシンならIntel MKL使ったら...
MacでLammps
分子動力学のフリーソフトLammpsがMacだと一瞬で環境整えられる。 分子動力学法 分子動力学法（ぶんしどうりきがくほう、英: molecular dynamics、MD法）は、原子ならびに分子の物理的な動きのコンピューターシミュレーション手法である。 Wikipedia（https://ja.wikipedia.o...
VASPで相変態の計算(beta-tin Si)
VASPのサンプルやってみたシリーズ。今回はbeta-tin Si。 cms.mpi.univie.ac.atBeta-tin Si - Vaspwikihttp://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Beta-tin_Si Si has the diamond structure...
VASPのサンプル(cd Si)やってみた
VASPのサンプルやってみたシリーズ。今回はdiamond Si。 cms.mpi.univie.ac.at 1 PocketCd Si - Vaspwikihttp://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Cd_Si やってることはfcc Siと同じ。 新しいことは特にないので入力...
バンド計算 (fcc Si bandstructure)
VASPのサンプルやってみたシリーズ。今回はfcc Si bandstructure。 cms.mpi.univie.ac.atFcc Si bandstructure - Vaspwikihttp://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Fcc_Si_bandstructure f...
Mac Accelerate frameworkとIntel MKLを比較してみた
前の投稿で、intel MKLをMacにインストールしましたが、こうなってくるとAccelerate frameworkとどちらが速度が早いのか気になるところです。Accelerate frameworkはMacに最適化されているということで結果が気になります。 cblas_dgemmを使って比較してみました。 Sou...
Intel MKL on Mac
インテルマスカーネルライブラリー（Intel Math Kernel Library (Intel MKL) ）とは、 インテルが開発している、科学・工学・金融アプリケーション向けに提供される最適化（高速化）された数学ルーチンを含むライブラリである。 Wikipedia (https://ja.wikipedia.or...