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numpy, scipyは数値計算のライブラリ。自分で作らなくてもやりたいことはほぼ揃っています。numpyやscipyの計算部分はCやFortranで作られてるから高速というのは有名な話ですが、とはいえ行列計算はopen blasが使用されているとのこと。Intel CPUつんでるマシンならIntel MKL使ったら...